久々に標準ライブラリの紹介です。
savehist-mode というマイナーモードを有効にすることで、
ミニバッファの履歴を自動的に保存するようになり、
次回Emacsを起動したときに復元されるようになります。

minibuf-historyと名乗っていないだけあって、
この機能は compile-command や kill-ring など
ミニバッファ以外の履歴を保存するのにも使えます。

そのときは savehist-additional-variables に変数名を加えてください。

一方で、 savehist-ignored-variables を設定することで、
保存しないミニバッファ履歴の変数を指定できます。

履歴が保存されるファイルは昔は ~/.emacs-history でしたが、今は ~/.emacs.d/history 推奨です。
古いファイル名を使っているならば、そのままリネームすればディレクトリが綺麗になります。

設定 160804100929.savehist.el(以下のコードと同一)

(savehist-mode 1)
;;; 永続化する変数を新たに追加する
(push 'compile-command savehist-additional-variables)
;;; 永続化しないミニバッファ履歴の変数を追加する
(push 'command-history savehist-ignored-variables)

実行方法

$ wget http://rubikitch.com/f/160804100929.savehist.el
$ emacs -Q -f package-initialize -l 160804100929.savehist.el

本日もお読みいただき、ありがとうございました。参考になれば嬉しいです。